طاعون هولناکی که میانهی دورهی سوم، سرزمین میانه را در نوردید. طاعون در اواخر سال ۱۶۳۵ از سرزمینهای شرق رووانیون گسترش یافت و اول مردمان شمالی را که آنجا زندگی میکردند تحت تأثیر قرار داد. میگفتند نیمی از مردمان از میان رفتند و پس از آن، فرماندهاشان، ماروینی گروهی از مردم خود را از سرزمینهای بلازده به منتهی الهیه شمال برد و در نهایت ائوتئود شکل گرفت.
به زودی، طاعون راه خود را به گوندور باز کرد و در سال ۱۶۳۶دورهی سوم، بسیاری از مردم مردند. بیشترین میزان بیماری در شهر ازگلیات، در کنار رودخانهی کبیر بود و شاه تلمنار با تمام فرزندانش از میان رفت. (همان زمان نیز درخت سفید میناس آنور خشک شد.) با چنین زوال حیاتی در گوندور، پاسبانی آنها از موردور رها شد. برخی میگفتند که طاعون سیاه، ساختهی سائورون بوده است تا گوندور از نگهبانی مرزهای سرزمین تاریک او دست بردارد.
طاعون، از گوندور به سمت شمال رفت. این زمان بود که بخش اعظم کالناردون خالی شد و مینیریات غارت گشت و کم و بیش در تمام آن دوره، بدون سکنه ماند. کاردولان رنج بسیار کشید و بیماری تمام مردم دونهداین را در آن سرزمین مبتلا ساخت. سال ۱۶۳۷ دورهی سوم، طاعون به مرزهای شایر که تنها سی و شش سال پیش بنا گشت رسیده بود. دست آخر به مناطق شمالی آردتداین رسید ولی این بار وخامت کمتری داشت و بالاخره پایان گرفت.
طاعون سیاه، تأثیرات ژرفی بر تاریخ سرزمین میانه نهاد. بحرانیترین تأثیر آن، رها شدن موردور بدون نگهبان بود که باعث شد سائورون، قرنها بعد، دوباره خود را بسازد. آدمیان شمالی ماروینی از رووانیون دور شدند و کالناردون خالی از سکنه ماند. این موضوع زمینه را برای ساختن روهان نیز فراهم ساخت. مدتها بعد، ائورل مردم خود را دوباره به سوی جنوب هدایت کرد تا در سرزمینی که کالناردون بود سکنا گزینند.